一维系统发育似然性的替代函数
种群与进化
2017-06-05 v1
摘要
系统发育学中替代模型的复杂性稳步增加，这需要越来越多的计算能力来计算似然性。这种模型复杂性催生了在分支长度优化和贝叶斯采样中近似似然函数的策略。在本文中，我们针对由单个分支长度参数化的一维似然函数开发了一种近似方法。这种新方法使用了一个从最简单的系统发育似然函数——二元对称模型中抽象出来的四参数替代函数。我们证明，该替代函数可以拟合多种分支长度，适用于广泛的模型和树，并且可以有效地用作贝叶斯采样的提议机制。该方法已实现为一个独立的开源C库，可供系统发育算法调用；它已被证明对于我们在线系统发育算法sts的良好性能至关重要。
引用
@article{arxiv.1706.00659,
title = {A surrogate function for one-dimensional phylogenetic likelihoods},
author = {Brian C. Claywell and Vu C. Dinh and Connor O. McCoy and Frederick A. Matsen},
journal= {arXiv preprint arXiv:1706.00659},
year = {2017}
}