预测果蝇基因组调控区域的统计薄尾检验
定量方法
2014-02-28 v2
摘要
背景：转录因子结合位点 (TFBSs) 和顺式调控模块 (CRMs) 的识别是研究基因表达的关键步骤，但由于对特定相互作用的了解有限，试图区分 CRMs 与非编码非调控区域 (NCNRs) 的计算方法仍然是一个具有挑战性的问题。方法：通过估计过代表相似词集分布 (Z-score) 来探索顺式调控模块 (CRMs) 的统计特性。观察到 CRMs 倾向于具有薄尾 Z-score 分布。提出了一种具有两个薄度系数的新统计薄尾检验，以区分 CRMs 与 NCNRs。结果：与现有的肥尾检验相比，第一个薄度系数旨在减少计算时间，使得新型薄尾检验非常适合后基因组时代的长序列和大型数据库分析，而第二个系数旨在提高 CRMs 与 NCNRs 之间的分离精度。这两个薄度系数可作为预测 CRMs 实验的有价值过滤指标。结论：新型薄尾检验基于 CRMs 的特定统计特性，提供了一种区分 CRMs 与 NCNRs 的高效且有效的手段，并可指导后基因组时代旨在发现新 CRMs 的未来实验。
引用
@article{arxiv.1402.6183,
title = {A statistical thin-tail test of predicting regulatory regions in the Drosophila genome},
author = {Jian-Jun Shu and Yajing Li},
journal= {arXiv preprint arXiv:1402.6183},
year = {2014}
}
备注
arXiv admin note: substantial text overlap with arXiv:1402.5338