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面向双简约距离的一个近线性核

数据结构与算法 2022-11-02 v1

摘要

最大简约距离 dMP(T1,T2)d_{\textrm{MP}}(T_1,T_2) 与有界状态最大简约距离 dMPt(T1,T2)d_{\textrm{MP}}^t(T_1,T_2) 通过任意字符下两系统发育树 T1,T2T_1,T_2 简约得分的最大差异来衡量它们的区别(对于 dMPt(T1,T2)d_{\textrm{MP}}^t(T_1,T_2),t 为字符中状态数的上界)。虽然计算 dMP(T1,T2)d_{\textrm{MP}}(T_1, T_2) 先前已被证明具有线性核的 fixed-parameter tractable(固定参数可处理),但对 dMPt(T1,T2)d_{\textrm{MP}}^t(T_1,T_2) 尚无此类结果。本文中,我们证明对所有 tt 计算 dMPt(T1,T2)d_{\textrm{MP}}^t(T_1, T_2) 均为固定参数可处理。具体而言,我们证明该问题具有大小 O(klgk)O(k \lg k) 的核,其中 k=dMPt(T1,T2)k = d_{\textrm{MP}}^t(T_1, T_2)。作为主要分析工具,我们引入了腿不相交不相容四元组的概念,其本身可能具有独立意义。

关键词

引用

@article{arxiv.2211.00378,
  title  = {A Near-Linear Kernel for Two-Parsimony Distance},
  author = {Elise Deen and Leo van Iersel and Remie Janssen and Mark Jones and Yuki Murakami and Norbert Zeh},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2211.00378},
  year   = {2022}
}