模拟具有时间依赖倾向性和延迟的化学系统的改进下一反应法

分子数量低至中等的化学反应系统通常被建模为离散跳跃马尔可夫过程。这些系统通常使用能够产生统计精确样本路径的方法进行模拟，例如 Gillespie 算法或下一反应法（Next Reaction Method）。在本文中，我们明确利用了反应启动时间可表示为独立单位速率泊松过程的触发时间这一事实，其中内部时间由积分倾向函数给出。利用这一表示，我们推导了一种改进的下一反应法，并以一种在精确模拟方面比现有方法更高效的方式，将其扩展至具有时间依赖倾向性的系统以及具有延迟的系统。