DNA甲基化动力学的混合HMM方法
基因组学
2019-01-21 v1
摘要
理解控制表观遗传变化的机制是现代功能生物学的一个重要研究领域。诸如DNA甲基化等表观遗传修饰在多次细胞分裂过程中通常非常稳定。然而，即使在非分裂（即非复制）细胞中，DNA甲基化也可能在短时间尺度内发生特定且快速的变化。这种动态DNA甲基化变化是由主动去甲基化和从头甲基化过程共同引起的，目前尚未在整合模型中得到研究。在此，我们提出一种混合（隐）马尔可夫模型来描述（短）时间尺度上的甲基化与去甲基化循环。我们的混合模型描述了在确定性时间点发生的若干分子事件（即仅在细胞分裂期间发生的机制）以及在随机时间点发生的其他事件。我们利用时间分辨数据在小鼠胚胎干细胞上测试了该模型。我们预测了甲基化变化，并估计了与DNA甲基化和去甲基化相关的不同修饰步骤的效率。
引用
@article{arxiv.1901.06286,
title = {A Hybrid HMM Approach for the Dynamics of DNA Methylation},
author = {Charalampos Kyriakopoulos and Pascal Giehr and Alexander Lück and Jörn Walter and Verena Wolf},
journal= {arXiv preprint arXiv:1901.06286},
year = {2019}
}
备注
15 pages, 5 figures, 2 tables