用于全基因组 DNA 甲基化水平推断的贝叶斯框架
应用统计
2022-11-15 v1 基因组学
定量方法
摘要
DNA 甲基化是一种重要的表观遗传标记,因其对生物过程和疾病的调控作用已被广泛研究。全基因组亚硫酸氢盐测序(WGBS)可实现单碱基分辨率的全基因组 DNA 甲基化测量,但在识别不同生物条件下显著不同的甲基化模式方面仍存在挑战。我们提出了一种新颖的甲基化组变点模型,该模型描述了病例组与对照组甲基化状态的联合动态,并得益于对所有可用样本中相邻甲基化位点信息的考虑。我们还设计了粒子滤波与平滑算法,以对潜在甲基化模式进行高效推断。我们说明,我们的方法能够以高功效检测并检验非常灵活的差异甲基化特征,同时控制第一类错误度量。
引用
@article{arxiv.2211.07311,
title = {A Bayesian framework for genome-wide inference of DNA methylation levels},
author = {Marcel Hirt and Axel Finke and Alexandros Beskos and Petros Dellaportas and Stephan Beck and Ismail Moghul and Simone Ecker},
journal= {arXiv preprint arXiv:2211.07311},
year = {2022}
}