置换$p$值的几何解释及其在eQTL研究中的应用

置换$p$值已被广泛用于评估遗传研究中连锁或关联的显著性。然而，其在大规模研究中的应用受到沉重计算负担的阻碍。我们提出了置换$p$值的一种几何解释，并基于这种几何解释，在二元预测变量的回归背景下开发了一种高效的置换$p$值估计方法。应用于一项基因表达数量性状位点(eQTL)研究表明，我们的方法提供了置换$p$值的可靠估计，同时所需的计算时间不到直接置换法的5%。事实上，无论$p$值多小，我们的方法估计置换$p$值所需的时间都是常数。我们的方法使得能够在广泛范围内研究名义$p$值与置换$p$值之间的关系，并为有效独立检验次数提供了一个几何视角。