用于分解等位特异性基因表达中顺式调控、亲本来源与母体效应的广义线性模型
基因组学
2017-05-24 v4
摘要
联合量化遗传和表观遗传效应对基因表达的影响对于理解生物体中复杂基因调控系统的建立非常重要。特别是基因组印记和母体效应在哺乳动物和开花植物的发育过程中起重要作用。然而，这些效应对基因表达的影响很难量化，因为它们与顺式调控突变同时起作用。本文提出一种简单方法，利用从正反交获得的RNA-seq数据，分解顺式调控（即等位基因基因型，AG）、基因组印记（即亲本来源，PO）和母体（即母体基因型，MG）效应对等位特异性基因表达的影响。我们用模拟数据集评估了方法的效率，并将该方法应用于全果蝇和小鼠滋养层干细胞（TSC）及肝脏RNA-seq数据。与之前研究一致，我们在成年果蝇样本中很少发现PO和MG效应的证据。相反，我们分别鉴定了数十个和数百个具有显著PO和MG效应的小鼠基因。有趣的是，在小鼠TSC和肝脏中检测到具有显著PO效应的基因数量相似，而在肝脏中观察到更多具有显著MG效应的基因。该方法的进一步应用将阐明这三种效应如何在不同组织和发展阶段影响基因表达水平，并为基因表达调控的进化提供新见解。
引用
@article{arxiv.1701.06776,
title = {A generalized linear model for decomposing cis-regulatory, parent-of-origin, and maternal effects on allele-specific gene expression},
author = {Yasuaki Takada and Ryutaro Miyagi and Aya Takahashi and Toshinori Endo and Naoki Osada},
journal= {arXiv preprint arXiv:1701.06776},
year = {2017}
}
备注
27 pages, 3 figures, 2 table