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针对双变量连续或混合表型的基于 Copula 的集合变异关联检验

统计方法学 2021-09-30 v1 应用统计

摘要

在全基因组关联研究(GWAS)中,研究人员经常需要处理非正态分布的性状或离散-连续混合性状。然而,目前大多数基于区域的方法依赖于多元线性混合模型(mvLMMs),并假设目标性状服从多元正态分布。因此,这些方法不适用于疾病性状或非正态分布的性状。因此,需要开发统一且灵活的方法来研究一组(可能是罕见的)遗传变异与非正态多元表型之间的关联。Copula 是在 [0,1][0, 1] 区间上具有均匀边缘分布的多元分布函数,它们为处理多元关联研究中的误差非正态性提供了合适的模型。我们提出了一种新颖、统一且灵活的基于 Copula 的多元关联检验(CBMAT),用于发现遗传区域与双变量连续或混合表型之间的关联。我们还推导了所提出的基于区域的得分型检验的数据驱动解析 p 值程序。通过模拟研究,我们证明对于离散和非正态分布的性状,CBMAT 具有良好控制的 I 类错误率,并且与其他现有方法相比具有更高的检测关联的统计功效。最后,我们将 CBMAT 应用于检测位于 11 号染色体上的两个基因与 ASLPAC 研究中 1,477 名受试者的若干血脂水平之间的关联。

关键词

引用

@article{arxiv.2109.14467,
  title  = {A copula-based set-variant association test for bivariate continuous or mixed phenotypes},
  author = {Julien St-Pierre and Karim Oualkacha},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2109.14467},
  year   = {2021}
}

备注

54 pages,