Jukes-Cantor和分子钟下四状态三元组的最大似然计算
种群与进化
2026-01-23 v1
摘要
我们研究了ChorHendySnir2006演化模型，该模型由一棵具有三个叶子的有根系统发育树组成，受Jukes--Cantor（JC69）分子演化模型和分子钟约束。我们证明了与该模型相关的似然函数具有唯一的最大值，且该最大值解析地依赖于参数（正如ChorHendySnir2006中所猜测的那样），前提是这些参数满足一些非常精确的不等式；其中一些不等式自然地源于该模型。利用微分拓扑的典型论证，我们将证明简化为回答一个代数问题，该问题虽然简单但计算复杂，我们使用一些Maple库解决了它。我们非常感激Marta Casanellas，她向我们提出了这个问题并给予了我们最初的见解。
关键词
引用
@article{arxiv.2601.15517,
title = {A computation of maximum likelihood for 4-states-triplets under Jukes-Cantor and MC},
author = {Maria Emilíia Alonso and Ernesto Álvarez},
journal= {arXiv preprint arXiv:2601.15517},
year = {2026}
}
备注
22pages, 7 figures