关于超度量树下简约法祖先序列重构的准确性
种群与进化
2017-06-20 v1 组合数学
概率论
摘要
我们考察了一个数学问题，涉及在给定系统发育树及所有所考虑分类单元的序列数据的情况下，Fitch 算法重构最近共同祖先序列的重构准确性。特别地，对于也称为 Jukes-Cantor 模型的对称 4 态替换模型，我们肯定地回答了 Li、Steel 和 Zhang 的一个猜想，该猜想指出：对于任何超度量系统发育树和对称模型，使用所有终端分类单元的 Fitch 简约法在祖先状态重构方面，比使用任何特定终端分类单元或任何特定分类单元对更准确，或至少同等准确。此前，该猜想仅由 Fischer 和 Thatte 针对双态数据给出了回答。在此，我们着重回答生物学上更具相关性的四态情形，这对应于从 DNA 或 RNA 数据进行的祖先序列重构。
引用
@article{arxiv.1706.06085,
title = {On the accuracy of ancestral sequence reconstruction for ultrametric trees with parsimony},
author = {Lina Herbst and Mareike Fischer},
journal= {arXiv preprint arXiv:1706.06085},
year = {2017}
}