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分子构象空间的中心划分。V. 三维划分序列的超图

计算物理 2011-05-17 v2 化学物理

摘要

在先前的工作中,描述了一种将分子系统的 3×N3 \times N 维构象空间划分为若干离散单元的过程,该划分允许从分子动力学轨迹中采样的数据构建一个组合结构:单元图或G,编码了系统在热游走中访问的构象空间中的单元集合。然而,G中的信息被编码在大量必须被聚合的片段中。我们在此描述算法过程:1)将来自G的信息聚合到一个超图中,允许枚举构象空间中的相关单元;2)将数据转换为非常紧凑的格式。

关键词

引用

@article{arxiv.0812.2844,
  title  = {A Central Partition of Molecular Conformational Space. V. The Hypergraph of 3D Partition Sequences},
  author = {Jacques Gabarro-Arpa},
  journal= {arXiv preprint arXiv:0812.2844},
  year   = {2011}
}