分子构象空间的中心剖分.III. 分子系统所跨体积的组合确定
计算物理
2008-12-13 v1 化学物理
摘要
在本系列的首篇工作 [physics/0204035] 中，已表明分子的构象空间可通过中心超平面排列在相当精度上被描述。这些超平面将空间划分为按层次的单元集合，可由该排列的面格偏序集编码。然而该模型缺乏显式的旋转对称性，使得无法区分构象空间中的旋转结构。此问题在第二篇工作 [physics/0404052] 中通过将分子系统的基本三维组分分类为一组可在标准三维参考系中适当定向的形态类而解决。这也使得找到本工作所解决之问题的方案成为可能：对于浸入热浴中的分子系统，我们希望枚举分子在热游走中访问的构象空间单元子集。若每个被访问的单元是图上的一个顶点并与相邻单元连边，本文解释了如何构建这样的图。
引用
@article{arxiv.physics/0509126,
title = {A Central Partition of Molecular Conformational Space.III. Combinatorial Determination of the Volume Spanned by a Molecular System},
author = {Jacques Gabarro-Arpa},
journal= {arXiv preprint arXiv:physics/0509126},
year = {2008}
}