细菌定殖获得与清除的贝叶斯模型
种群与进化
2018-11-28 v1 机器学习
应用统计
摘要
定殖于宿主的细菌种群在宿主健康中发挥重要作用，包括作为传播给其他宿主以及侵袭性菌株涌现的储存库，从而强调了理解定殖种群获得与清除速率的重要性。对定殖动态的研究基于评估连续样本是否代表单一种群或不同的定殖事件。估计获得与清除速率的一个常见解决方案是使用固定的遗传距离阈值。然而，该方法往往不足以解释体内演化种群的潜在多样性、连续测量之间的时间间隔以及估计的获得与清除速率的不确定性。在此，我们总结了最近提交的工作 \cite{jarvenpaa2018named} 并提出了一个贝叶斯模型，该模型提供两个菌株是否应被视为相同的的概率，从而能够从随时间采样的基因组确定细菌的清除与获得。我们使用群体遗传模拟显式建模体内变异，并通过结合近似贝叶斯计算（ABC）与马尔可夫链蒙特卡洛（MCMC）的多种数据源信息来进行推断。我们使用该方法分析了一组耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）分离株。
引用
@article{arxiv.1811.10958,
title = {A Bayesian model of acquisition and clearance of bacterial colonization},
author = {Marko Järvenpää and Mohamad R. Abdul Sater and Georgia K. Lagoudas and Paul C. Blainey and Loren G. Miller and James A. McKinnell and Susan S. Huang and Yonatan H. Grad and Pekka Marttinen},
journal= {arXiv preprint arXiv:1811.10958},
year = {2018}
}
备注
Machine Learning for Health (ML4H) Workshop at NeurIPS 2018 arXiv:1811.07216