剪切流中的蛋白质
生物大分子
2009-11-13 v1
摘要
利用布朗动力学模拟研究了单个蛋白质分子在剪切流中的构象动力学。研究采用了基于结构的蛋白质粗粒化模型。我们考察了泛素 (ubiquitin) 和整合素 (integrin) 两种蛋白质，发现中等剪切速率下，它们通过一系列亚稳态展开，这一模式不同于均聚物中发现的平滑解缠。完全展开仅发生在非常大的剪切速率下。此外，研究表明氨基酸之间的流体动力学相互作用会阻碍剪切流引起的展开。展开过程的特征取决于蛋白质是否被锚定，若被锚定，则取决于锚定点的选择。
引用
@article{arxiv.0710.2235,
title = {Proteins in a shear flow},
author = {P. Szymczak and Marek Cieplak},
journal= {arXiv preprint arXiv:0710.2235},
year = {2009}
}
评论
to be published in J. Chem. Phys