蛋白质折叠作为一种物理随机过程
软凝聚态物质
2007-07-18 v1
摘要
我们将蛋白质折叠建模为如下物理随机过程：未折叠的蛋白质链被视为由自回避行走（SAW）描述的无规线团。折叠由疏水作用及其他相互作用（如氢键）诱导，这些作用可通过在 SAW 上施加条件来考虑。所得模型称为条件自回避行走（CSAW）。从概念上讲，其数学基础是广义朗之万方程。在实践中，该模型通过在计算机上结合 SAW 与蒙特卡洛方法来实现。为了说明该模型的灵活性与能力，我们考察了若干示例，包括折叠路径、弹性性质、螺旋形成及集体模式。
引用
@article{arxiv.0707.2388,
title = {Protein Folding as a Physical Stochastic Process},
author = {Kerson Huang},
journal= {arXiv preprint arXiv:0707.2388},
year = {2007}
}
评论
20 pages, 15 figures, Keynote talk at BIOMAT2007, 24th-29th Nov, 2007, Brazil