蛋白质结构预测软件生成两组不同的构象：或未折叠自回避行走的研究
生物大分子
2013-06-07 v1
摘要
自回避行走（SAW）是概率论和枚举组合学中极具难度的问题来源。它们也具有重要意义，例如作为生物信息学中蛋白质结构预测的基础。本文作者此前已表明，取决于预测算法，所获得的构象集合存在差异：使用基于拉伸的算法可以到达所有自回避行走，而采用迭代折叠直线的方法仅能到达折叠的 SAW。本文提出了对（未）折叠自回避行走的初步研究。主要贡献是对当前关于这些集合的已知情况进行了综述。特别是，我们提供了与枢轴移动（pivot moves）相关的自回避行走各种子集（如折叠或不可展开的 SAW 等）的清晰定义，并给出了我们在理论上或计算上关于这些集合获得的首批结果。此外还列出了一系列开放性问题，并最终探讨了对蛋白质结构预测问题的影响。
引用
@article{arxiv.1306.1439,
title = {Protein structure prediction software generate two different sets of conformations. Or the study of unfolded self-avoiding walks},
author = {Jacques M. Bahi and Christophe Guyeux and Jean-Marc Nicod and Laurent Philippe},
journal= {arXiv preprint arXiv:1306.1439},
year = {2013}
}
备注
Under submission