备选折叠的蛋白质揭示 AlphaFold 类蛋白质结构预测中的盲点
生物大分子
2024-10-22 v1
摘要
近年来，人工智能 (AI) 的进步彻底变革了结构生物学，尤其是蛋白质结构预测。尽管 AI 方法，如 AlphaFold (AF)，常常能够高准确率和高置信度地预测蛋白质的单一构象，但对备选折叠的预测往往不准确、置信度低，或根本不予预测。本文概述了关于 AF 类蛋白质结构预测所揭示的三个盲点。第一，能够假设与训练集中同源序列不同的构象的蛋白质可能被误预测。第二，AF 过度依赖其训练集来预测备选构象。第三，成对表示中的退化性会导致高置信度的预测与实验不一致。这些弱点表明，更可靠地预测备选折叠的可能方法。
引用
@article{arxiv.2410.14898,
title = {Proteins with alternative folds reveal blind spots in AlphaFold-based protein structure prediction},
author = {Devlina Chakravarty and Myeongsang Lee and Lauren L. Porter},
journal= {arXiv preprint arXiv:2410.14898},
year = {2024}
}