通过熵方法测量密码子使用偏倚
基因组学
2007-06-15 v1
摘要
密码子使用偏倚度量定义为真实密码子频率分布与准平衡分布之间的互熵计算。后者通过三种方式定义：(1) 假设同义密码子的频率相等（即其频率的算术平均值）；(2) 其等同于三联体的频率分布；最后，(3) 准平衡频率分布定义为从二核苷酸频率分布导出的密码子预期频率。针对 125 个细菌基因组计算了密码子使用偏倚的度量。
引用
@article{arxiv.0706.2077,
title = {Codon Usage Bias Measured Through Entropy Approach},
author = {Michael G. Sadovsky and Julia A. Putintzeva},
journal= {arXiv preprint arXiv:0706.2077},
year = {2007}
}
评论
15 pages, 1 figure