晶体基模型中基于密码子 - 反密码子相互作用的密码子使用频率层级
其他定量生物学
2023-12-19 v1
摘要
通过分析 20 种植物样本的密码子使用频率（已知其密码子 - 反密码子模式），我们注意到使用频率的层级呈现出几乎“普遍”的行为。为了解释这种行为，我们假设密码子使用概率源于两项贡献之和：第一项是占主导地位的几乎“普遍”项，取决于密码子 - 反密码子相互作用；第二项是局部项，即取决于生物物种。在晶体基模型的形式体系中，密码子 - 反密码子相互作用被写为自旋 - 自旋项加上 z-自旋项。基于一般性考虑，特别是从符号的选择和定义相互作用的一些参数约束出发，我们能够解释大多数观测数据。
引用
@article{arxiv.2312.11107,
title = {Hierarchy of codon usage frequencies from codon-anticodon interaction in the crystal basis model},
author = {Antonino Sciarrino and Paul Sorba},
journal= {arXiv preprint arXiv:2312.11107},
year = {2023}
}