染色质折叠与人类基因组功能的关系
基因组学
2007-05-23 v1
摘要
三维 (3D) 染色质结构与基因组功能密切相关，特别是转录。然而，间期细胞核中染色质纤维的折叠路径尚不清楚。在此，我们利用荧光原位杂交技术，系统测量了人类原代成纤维细胞 G1 期细胞核中 1 号和 11 号染色体上基因密集、高转录区域与基因稀疏、低活性区域之间成对标记基因组位置的 3D 物理距离。基于聚合物物理学对我们结果及他人已发表结果的解读表明，染色质纤维的折叠可描述为处于球状态 (GS) 的聚合物，该状态由抵消自回避力的聚合物内吸引相互作用维持。GS 聚合物模型既能描述高表达域也能描述低表达域中的染色质折叠，表明它们在 Kuhn 长度和染色质压缩度上存在差异。每种类型的基因组域构成了一组相对紧凑的球状折叠态集合，导致原本相同的细胞之间存在显著的细胞间变异。我们提供了证据，表明染色质纤维在几兆碱基对尺度以及完整染色体臂尺度（数十 Mb）上存在不同的聚合物折叠机制。我们的结果提出了间期染色质纤维折叠的新观点，并为探索染色质纤维内相互作用的性质开辟了可能性。
引用
@article{arxiv.0705.1656,
title = {Chromatin Folding in Relation to Human Genome Function},
author = {Julio Mateos-Langerak and Osdilly Giromus and Wim de Leeuw and Manfred Bohn and Pernette J. Verschure and Gregor Kreth and Dieter W. Heermann and Roel van Driel and Sandra Goetze},
journal= {arXiv preprint arXiv:0705.1656},
year = {2007}
}