YFitter：基于低覆盖度序列数据的 Y 染色体单倍群最大似然分配
种群与进化
2014-07-31 v1 基因组学
摘要
低覆盖度短读长重测序实验有望扩展我们对 Y 染色体单倍群的理解。然而，与这些实验相关的不确定性意味着必须概率性地分配单倍群，以避免错误的推断。我们提出了一种高效的动态规划算法，该算法能够通过最大似然法分配单倍群，并表征分配中的不确定性。我们将该方法应用于基因型数据和低覆盖度测序数据，结果表明其能够以高分辨率准确分配单倍群。该方法已实现为程序 YFitter，可从 http://sourceforge.net/projects/yfitter/ 下载。
引用
@article{arxiv.1407.7988,
title = {YFitter: Maximum likelihood assignment of Y chromosome haplogroups from low-coverage sequence data},
author = {Luke Jostins and Yali Xu and Shane McCarthy and Qasim Ayub and Richard Durbin and Jeff Barrett and Chris Tyler-Smith},
journal= {arXiv preprint arXiv:1407.7988},
year = {2014}
}