WiSPA：一种处理广泛寄生的新方法
种群与进化
2016-04-01 v1
摘要
传统上，协同进化系统的研究考虑寄生虫仅栖息于单一宿主的情况。寄生虫可能感染多个宿主的情形，即广泛寄生，直到最近才获得较少关注。这部分是由于重建寄生虫仅感染单一宿主的协同进化历史所涉及的计算复杂性，该问题是 NP 难的。允许寄生虫栖息于多个宿主被视为只会进一步加剧这一计算上难处理的问题。然而近来，用于估计寄生虫仅感染单一宿主问题实例的成熟算法已被扩展以处理广泛寄生虫。尽管这取得了显著进展，但已注意到这些算法对栖息于系统发育上遥远宿主的寄生虫处理不佳。在这项工作中，我们扩展这些先前的算法，利用一种我们称之为 spread 的额外进化事件来处理寄生虫栖息于系统发育遥远宿主的情况。我们的新框架在合成和生物学数据集上相比现有方法推断出显著更一致的协同进化历史。然后我们将新提出的算法（我们称之为 WiSPA (WideSpread Parasitism Analyser)）应用于研究充分的灵长类与 Enterobius（蛲虫）协同进化系统，现有方法在不允许额外分化事件的情况下无法调和其中存在的广泛寄生。利用 WiSPA 和新的生物学事件 spread，我们提供了该系统的首个统计显著的协同进化假说。
引用
@article{arxiv.1603.09415,
title = {WiSPA: A new approach for dealing with widespread parasitism},
author = {Benjamin Drinkwater and Angela Qiao and Michael A. Charleston},
journal= {arXiv preprint arXiv:1603.09415},
year = {2016}
}