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是什么导致了 lac 通路切换:识别基因调控系统中触发表型切换的波动

分子网络 2014-12-05 v2

摘要

多稳态基因调控系统在相同的外部条件下维持不同水平的基因表达。这种多稳态性被用于编码表型状态,涉及细菌的营养摄取和持久性、病毒感染中的命运选择、细胞周期控制和发育等过程。不同表型之间的随机切换可能是由于转录、翻译、运输和结合过程中产生的 mRNA 和蛋白质分子拷贝数的随机波动所致。然而,通路中哪个组分触发了这种转变通常是未知的。通过将大肠杆菌 (E. coli) 乳糖摄取通路的单细胞实验与分子模拟相结合,我们设计了一种通用方法来 pinpoint 驱动表型切换的特定波动,并将此方法应用于 lac 基因从未诱导态到诱导态的转变。我们发现,向诱导态的转变不仅仅由 lac 阻遏蛋白解离的单一事件引起,还关键地取决于阻遏蛋白保持与 lac 操纵子解离的时间段。我们在具有高表达水平阻遏蛋白的菌株中证实了这一观点(导致 lac 操纵子保持解离的时间段较短),这些菌株显示出降低的切换率。我们的技术普遍适用于多稳态基因调控系统,并能够识别基因调控电路中随机转变背后的分子机制。

关键词

引用

@article{arxiv.1312.6209,
  title  = {What makes the lac-pathway switch: identifying the fluctuations that trigger phenotype switching in gene regulatory systems},
  author = {Prasanna M. Bhogale and Robin A. Sorg and Jan-Willem Veening and Johannes Berg},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1312.6209},
  year   = {2014}
}

备注

Version 2