弱时变信号可同步并加速张力下生物聚合物的转变动力学
生物物理
2015-06-11 v1 软凝聚态物质
摘要
除了对促进生物聚合物构象转变至关重要的热噪声外,细胞环境还充满了由多种主动过程产生的非热涨落谱。为了理解非热噪声对生物过程的影响,我们研究了微小的振荡力如何影响 RNA 发夹结构的热诱导折叠和去折叠转变,其对恒定张力的响应已在理论和实验中得到了广泛研究。引人注目的是,我们在过阻尼条件下进行的分子模拟表明,即使在高(低)张力使发夹结构(不)折叠变得不可能的情况下,特定频率的弱外部振荡力也能同步增强 RNA 发夹结构的转变动力学并提高平均转变速率。此外,即使信号与其他非共振频率的信号混合,RNA 动力学仍能分辨出具有共振频率的信号。事实上,我们对 RNA 发夹结构动力学中热诱导共振的计算演示是随机共振 (SR) 和共振激活 (RA) 现象的直接实现。我们的研究易于使用光镊进行实验测试,对于体内受广泛细胞噪声影响的生物聚合物折叠具有重要意义。
引用
@article{arxiv.1208.4186,
title = {Weak temporal signals can synchronize and accelerate the transition dynamics of biopolymers under tension},
author = {Won Kyu Kim and Changbong Hyeon and Wokyung Sung},
journal= {arXiv preprint arXiv:1208.4186},
year = {2015}
}
备注
22 pages, 7 figures