膜黏附中弱碳水化合物-碳水化合物相互作用具有模糊性与普适性
生物大分子
2020-08-05 v1 亚细胞过程
摘要
碳水化合物如三糖基序LeX是细胞表面的关键组成成分。尽管研究深入，相对细胞或膜之间碳水化合物的相互作用仍未被很好理解。在本文中，我们通过远超以往研究模拟时长数个数量级的广泛原子级分子动力学模拟，研究了膜黏附及溶液中的碳水化合物-碳水化合物相互作用。对于LeX，我们获得了可溶性碳水化合物的结合常数、脂质锚定碳水化合物的黏附能，以及膜黏附中碳水化合物复合物的最大持续力，这些结果与文献中的实验结果吻合良好。因此，我们的模拟似乎提供了溶液中及膜黏附过程中LeX-LeX相互作用的真实详细图像。在该图像中，LeX-LeX相互作用是模糊的，即LeX对以大量短寿命、结合的构象相互作用。对于由两个乳糖单元组成的合成四糖Lac 2，我们观察到类似的模糊相互作用，并获得了其可溶性与脂质锚定变体的结合常数，与LeX的相应结合常数相当。因此，我们模拟中量化的模糊、弱的碳水化合物-碳水化合物相互作用似乎是如LeX和Lac 2等小型中性碳水化合物的一个普适特征。
引用
@article{arxiv.2008.01470,
title = {Weak carbohydrate-carbohydrate interactions in membrane adhesion are fuzzy and generic},
author = {Batuhan Kav and Andrea Grafmüller and Emanuel Schneck and Thomas R. Weikl},
journal= {arXiv preprint arXiv:2008.01470},
year = {2020}
}
备注
12 pages, 9 figures