用于实验估计微管动态不稳定性参数的小波压缩与峰值检测方法及三态识别
亚细胞过程
2015-10-27 v1
摘要
近期的研究表明,微管表现出生长、收缩和暂停这三种转换状态。在本文中,我们首先引入一个三态随机演化模型,作为在生长、暂停和收缩这三种转换状态下研究微管动力学的框架。然后,我们引入一种包含 5 个符号的非传统栈游程编码方案,用于检测转换状态以及编码微管实验数据。峰值检测在小波域中进行,以有效检测这三种转换状态。在编码时包含峰值信息的一个附加优势是,它能够在小波域中高效地检测峰值并同时对其进行编码,而无需在解码阶段后进行进一步处理。实验结果表明,与传统的栈游程编码和游程长度编码方案相比,使用这种非传统的栈游程编码具有更好的压缩和重建性能。对三态建模的微管参数进行了估计,结果表明在较低压缩率下能够紧密近似原始微管数据。随着压缩率的增加,我们可能会丢弃检测微管转换状态所需的细节。因此,选择合适的压缩率是在信号重建的容许误差水平、其参数估计与微管数据的可观压缩率之间的权衡。
引用
@article{arxiv.1510.07290,
title = {Wavelet-Based Compression and Peak Detection Method for the Experimentally Estimation of Microtubules Dynamic Instability Parameters Identified in Three States},
author = {Shantia Yarahmadian and Vineetha Menon and Majid Mahrooghy and Vahid A. Rezania},
journal= {arXiv preprint arXiv:1510.07290},
year = {2015}
}