过渡与亚稳态Markov状态的识别与分析
化学物理
2017-10-04 v1 生物大分子
摘要
我们提出一种新方法，能够从全原子或粗粒化分子动力学（MD）轨迹中识别并分析过渡态与亚稳态构象状态。我们的算法通过使用来自成螺旋肽Ala5以及更大系统表皮生长因子受体（EGFR）蛋白的MD模拟的分析与实际例子加以展示和研究。在所有情况下，通过输入一组相关坐标并准确捕获内在的最慢弛豫速率，我们的方法以最优方式自动识别相应的过渡态与亚稳态构象。我们的方法提供了一种通用且易于实现的分析方法，可独特洞察分子机制以及复杂动力学系统（如分子轨迹）中出现的稀有但关键的限制速率的构象路径。
引用
@article{arxiv.1605.04328,
title = {Identification and Analysis of Transition and Metastable Markov States},
author = {Linda Martini and Adam Kells and Gerhard Hummer and Nicolae-Viorel Buchete and Edina Rosta},
journal= {arXiv preprint arXiv:1605.04328},
year = {2017}
}