虚拟筛选与先导化合物优化以发现HDAC-8新型抑制剂
生物大分子
2012-09-14 v1 基因组学
摘要
组蛋白去乙酰化酶(HDAC)和组蛋白乙酰转移酶(HAT)是影响转录的酶，它们通过选择性地去乙酰化或乙酰化核心组蛋白蛋白氨基末端附近赖氨酸的(ε)-氨基基团来发挥作用。在多种癌症包括白血病和乳腺癌中观察到HDAC的过度表达。HDAC抑制剂已被证明是生长停滞、分化和/或凋亡细胞死亡的有效诱导剂。人们越来越有兴趣开发组蛋白去乙酰化酶抑制剂作为抗癌药物。选取了HDAC-8的三种已知配体并进行对接。对最佳得分进行了分析，并使用carol和corina数据库下载了与这些配体结构类似的分子并进行对接。同时，利用分子对接对大型小分子数据库进行了计算筛选，以寻找在构象和化学上能匹配活性位点的命中分子。GoldScore和ChemScore得分均较高的分子被筛选出来并与先前结果进行了比较。对得分最佳者进一步计算了氢键相互作用和近距离接触。对最佳排名配体的生物活性进行了预测。还分析了它们的理化性质。确定了四种新分子并建议在湿实验中进一步测试。
引用
@article{arxiv.1209.2793,
title = {Virtual screening and lead optimisation to identify novel inhibitors for HDAC-8},
author = {Maria Antony Dhivyan JE and Anoop MN},
journal= {arXiv preprint arXiv:1209.2793},
year = {2012}
}
备注
A detailed report of 58 pages with figures, analytical and structural data