振动熵与蛋白质的结构组织
生物大分子
2009-02-12 v1
摘要
本文通过一种我们称之为层次网络模型（HNM）的新工具，分析了大量非同源蛋白质结构的振动谱。我们的粗粒化方案考虑了蛋白质排列中力常数的内在异质性，并纳入了侧链自由度。我们的分析表明，每个残基的振动熵与二级结构含量相关。此外，我们评估了我们的方案中新特征对振动熵的个体贡献，并与最先进的网络模型的预测进行了比较。这一分析强调了正确考虑构建和稳定蛋白质支架的不同原子键中力强度内在层次的重要性。最后，我们讨论了我们的发现在蛋白质聚集现象背景下的可能意义。
引用
@article{arxiv.0902.1941,
title = {Vibrational entropy and the structural organization of proteins},
author = {Lorenzo Bongini and Francesco Piazza and Lapo Casetti and Paolo De Los Rios},
journal= {arXiv preprint arXiv:0902.1941},
year = {2009}
}
备注
12 pages, 8 figures