VCF2Networks：将基因型网络应用于单核苷酸变异数据
种群与进化
2014-05-20 v2
摘要
概要：基因型网络是系统生物学中使用的一种方法，用于研究给定表型的创新能力，确定表型对突变是否具有鲁棒性，以及与之相关的基因型在基因型空间中的分布情况。在此，我们开发了 VCF2Networks，一种将此方法应用于群体遗传学数据，特别是应用于以变异调用文件格式 (VCF) 编码的单核苷酸变异数据的工具。VCF2Networks 可计算的基因型网络属性的完整总结见补充材料 1。可用性与实现：项目主页为 https://bitbucket.org/dalloliogm/vcf2networks。VCF2Networks 也可直接从 Python Package Index (PyPI) 获取，名称为 vcf2networks。
引用
@article{arxiv.1401.2016,
title = {VCF2Networks: applying Genotype Networks to Single Nucleotide Variants data},
author = {Giovanni Marco Dall'Olio and Ali R. Vahdati and Bertranpetit Jaume and Wagner Andreas and Laayouni Hafid},
journal= {arXiv preprint arXiv:1401.2016},
year = {2014}
}
备注
5 pages, 1 table, plus supplementary of 7 pages and 5 figures