UnMuted：基于污水样本中按时间一致突变簇定义的 SARS-CoV-2 血统
统计方法学
2025-08-06 v1
摘要
SARS-CoV-2 血统根据其在 phylogenetic 树中的位置进行定义，但通过临床采样的序列近似为突变列表。污水血统丰度通常假设突变频率约等于其所属血统丰度之和。通过利用大量随时间收集的样本，我能够估计血统丰度的时间趋势以及血统的定义。这通过假设以时间出现在一起的突变集合构成血统，然后估计比例来实现。考虑了三个主要模型：两种包含显式时间趋势且对丰度施不同约束的模型，以及不估计时间分量的模型。发现估计的血统定义对应于已知血统定义，并匹配血统丰度的时间趋势，尽管未使用临床样本的信息。我将这套方法称为“UnMuted”，因为允许突变自行发声。
引用
@article{arxiv.2508.03508,
title = {UnMuted: Defining SARS-CoV-2 Lineages According to Temporally Consistent Mutation Clusters in Wastewater Samples},
author = {Devan Becker},
journal= {arXiv preprint arXiv:2508.03508},
year = {2025}
}
备注
Submitted to Epidemics; 15 pages and 8 figures not including appendix, 24 pages and 13 figures including appendix