小干扰RNA在碳纳米管内的易位与封装
统计力学
2015-06-12 v1 软凝聚态物质
摘要
我们使用全原子分子动力学模拟和显式溶剂，报告了小干扰RNA（siRNA）在不同直径和手性的碳纳米管（CNT）内的自发易位。我们使用伞形采样方法计算siRNA进入和易位过程的自由能景观。自由能曲线显示siRNA在CNT内易位时获得自由能，siRNA从CNT中排出的能垒在40到110 kcal/mol之间，取决于CNT手性和盐浓度。易位时间τ随CNT直径增大而减小，临界直径为24 Å。相比之下，相同序列的双链DNA（dsDNA）由于大的自由能垒而不易位。这项研究有助于在微观层面理解核酸通过纳米孔的运输，并可能有助于设计基于碳纳米管的siRNA传感器。
引用
@article{arxiv.1212.2527,
title = {Translocation and encapsulation of siRNA inside carbon nanotubes},
author = {Santosh Mogurampelly and Prabal K. Maiti},
journal= {arXiv preprint arXiv:1212.2527},
year = {2015}
}
备注
Accepted for the Journal of Chemical Physics; 24 pages, 6 figures and 1 table