转录因子蛋白进化优化的热力学限制
软凝聚态物质
2008-07-22 v1 生物大分子
摘要
构象涨落被认为在转录因子蛋白定位并结合细菌基因组上其靶位点的过程中起着重要作用。利用一个简单模型，我们表明在选择压力下，通过调整构象态谱，使处于更高迁移率构象的时间分数与靶标识别速率相匹配，可以使结合时间最小化。相应的最优结合时间与热力学所施加的极限结合时间处于同一数量级，该极限对应于具有瞬时靶标识别能力的理想化蛋白。数值估算表明，典型细菌运行在这种构象涨落优化的机制中。
引用
@article{arxiv.0709.1495,
title = {Thermodynamic restrictions on evolutionary optimization of transcription factor proteins},
author = {Longhua Hu and Alexander Y. Grosberg and Robijn Bruinsma},
journal= {arXiv preprint arXiv:0709.1495},
year = {2008}
}