构象校对:构象变化对分子识别特异性的影响
生物大分子
2010-07-27 v1 统计力学
生物物理
摘要
为了进行识别,分子必须在充满许多相似物的嘈杂生化环境中定位并特异性结合其靶标。已知分子识别过程,尤其是诱导契合机制,涉及构象变化。这引出一个基本问题:分子识别是否从这种构象变化中获得任何优势?通过引入一种简单的统计力学方法,我们研究了构象和柔性对识别过程质量的影响。我们的模型将特异性与参与分子的构象联系起来,从而提出一个可能的答案:当配体略微偏离靶标时,即配体与其主要靶标之间的构象不匹配提高了过程的选择性,可实现最佳特异性。这表明结合时的形变作为一种构象校对机制,可能通过进化被选择出来。
引用
@article{arxiv.1007.4457,
title = {Conformational Proofreading: The Impact of Conformational Changes on the Specificity of Molecular Recognition},
author = {Yonatan Savir and Tsvi Tlusty},
journal= {arXiv preprint arXiv:1007.4457},
year = {2010}
}
备注
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1868595/ http://www.weizmann.ac.il/complex/tlusty/papers/PLoSONE2007.pdf