小配体与 DNA 相互作用的热力学模型
生物物理
2007-07-26 v1
摘要
我们成功地将平衡态下可记录的复合物形成稳定常数与复合物寿命的动态特性关联起来。因此，分子生物物理学中关于生物分子“结构 - 动力学 - 功能”的主要概念可以重构为“结构 - 稳定性 - 功能”。需要特别指出的是，这种方法极大地简化并拓宽了对大分子动态特性研究的时间区间。通过对 Na-DNA 湿润纤维的水脱附动力学曲线进行辉光放电原子光谱氢分析，研究水合能和水合数，我们发现 DNA 从 B 型转变为无序态后，水合水脱附的活化能增加了 0.65 kcal/Mole 水。从 B 型到 C 型（每个核苷酸从 20 个水分子减少到 10 个）的转变，该能量增加为 0.1 kcal/Mole；而从 C 型到 A 无序态（从 10 个水分子减少到 5 个）的转变，该能量增加为 0.55 kcal/Mole。同时使用 UDS 和 AES 可以识别 DNA 中错误的 Watson-Crick 配对数量。定量分析基于 UDS 与原子发射光谱结合后信息量的增加。金属诱导的互变异构总数为每百万个 DNA 碱基对六百个。这种方法使得在临床检查中评估风险因素以及评价 DNA 在纳米技术用途中的适用性成为可能。
引用
@article{arxiv.0707.3693,
title = {Thermodynamic model of interaction of small ligands with DNA},
author = {Vasil G. Bregadze and Eteri S. Gelagutashvili and Irene G. Khutsishvili and Khatuna G. Sologashvili and Ketevan J. Tsakadze},
journal= {arXiv preprint arXiv:0707.3693},
year = {2007}
}
备注
11 pages, 0 figures