生物复制机的热力学代价、速度、涨落与误差降低
生物物理
2022-02-28 v1 统计力学
摘要
由于细胞环境中的巨大涨落,生物过程中未经调控的信息传递本质上容易产生误差。生物复制过程中误差降低机制的细节一直是活跃研究的课题;然而,过程的误差降低如何与其热力学代价和动力学性质相平衡,在很大程度上仍未被探索。在此,我们结合近期发现的热力学不确定关系(TUR)来研究误差降低策略,该关系为一般耗散过程中相关的代价-精度权衡设定了物理界限。我们发现,两种代表性的复制过程——缺失外切核酸酶的 T7 DNA 聚合酶进行的 DNA 复制和大肠杆菌(\textit{E. coli})核糖体进行的 mRNA 翻译——在将误差率降低到生物学可接受水平的同时,也将过程优化至接近 TUR 所规定的物理极限。
引用
@article{arxiv.2003.14042,
title = {Thermodynamic cost, speed, fluctuations, and error reduction of biological copy machines},
author = {Yonghyun Song and Changbong Hyeon},
journal= {arXiv preprint arXiv:2003.14042},
year = {2022}
}
备注
20 pages, 14 figures, 3 Tables