生化系统中计算复制的热力学
分子网络
2017-04-12 v4 统计力学
生物物理
摘要
活细胞使用读出分子记录受体蛋白的状态,类似于典型计算设备中的测量或副本。但这种类比是否严谨?细胞能否最优高效,若不能,为何?我们表明,如在计算中那样,一个规范生化读出网络产生关联;从这些关联中提取零功设定了耗散的下限。对于一般输入,即使反应任意慢或热力学驱动弱,生化网络也无法达到此界限。它面临一种准确性-耗散权衡,其定性不同于且该界限所暗示的更差,并且更复杂的稳态复制过程不能表现更好。尽管如此,除非准确性极高,成本仍接近热力学界限。此外,我们表明在外源操纵化学燃料下,生物分子反应可用于热力学最优设备,暗示了用于测试计算热力学的实验系统。
引用
@article{arxiv.1503.00909,
title = {The thermodynamics of computational copying in biochemical systems},
author = {Thomas E. Ouldridge and Christopher C. Govern and Pieter Rein ten Wolde},
journal= {arXiv preprint arXiv:1503.00909},
year = {2017}
}
备注
Accepted version