HemePLM-Diffuse：大型生物分子系统中蛋白-配体动力学的可扩展生成框架

理解蛋白-配体复合物的长时间尺度动力学对于药物发现和结构生物学至关重要，但对于大型生物分子系统仍具有计算挑战。我们引入HemePLM-Diffuse，一个创新的生成式转换模型，专为准确模拟蛋白-配体轨迹、填充缺失的配体片段并采样超过10,000原子系统中的转换路径而设计。HemePLM-Diffuse具有SE(3)-不变分词方法，用于蛋白质和配体，利用时感知的交叉注意力扩散有效捕获原子运动。我们还使用3CQV HEME系统演示了其能力，显示出比TorchMD-Net、MDGEN和Uni-Mol等领先模型在准确性和可扩展性方面的优势。