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canalization 对布尔网络鲁棒性的影响

动力系统 2024-01-19 v2 混沌动力学 生物物理 分子网络

摘要

时间与状态离散的动力学系统常被用于对分子网络进行建模。本文提供了一套用于研究布尔网络模型鲁棒性的数学与计算工具。重点关注由 kk-canalizing 函数支配的网络,这是最近引入的一类布尔函数,包含了被广泛研究的嵌套 canalizing 函数类。函数的活动性与敏感度量化了输入变化对函数输出的影响。本文将后一概念推广为 cc-敏感度,并给出了广义 kk-canalizing 函数以及具有更精确定义结构的 canalizing 函数的活动性与 cc-敏感度的公式。网络鲁棒性的一种常用度量,Derrida 值,可以表示为支配它的 canalizing 函数的 cc-敏感度的加权和,并且也可以对布尔网络的随机扩展进行计算。这些发现提供了一种无需模拟即可计算确定性或随机布尔网络 Derrida 值的计算高效方法。

关键词

引用

@article{arxiv.1607.04474,
  title  = {The Influence of Canalization on the Robustness of Boolean Networks},
  author = {Claus Kadelka and Jack Kuipers and Reinhard Laubenbacher},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1607.04474},
  year   = {2024}
}

备注

16 pages, 2 figures, 3 tables