基因本体演化对GO术语信息内容的影响
定量方法
2017-01-02 v1
摘要
基因本体（GO）是一个主要的生物信息学本体，提供结构化受控词汇以分类基因和蛋白质的功能与作用。GO及其对基因产物的注释现在是功能分析不可或缺的一部分。近来，从基因产物注释（也称为语义相似性）出发评估基因产物间相似性的研究已成为生物信息学中不断增长的领域。尽管已对GO结构更新和注释语料库做了许多研究，但GO演化对语义相似性的影响却鲜被关注。在此我们广泛分析GO如何变化，语义相似性所有用户都应仔细考虑此变化。GO变化尤其对GO术语的信息内容（IC）有重大影响。由于许多语义相似性依赖于IC计算，显然应深入研究这些变化。此处我们考虑2005至2014年的GO版本，并计算所有GO术语的IC，考虑了五种不同的公式。然后我们比较这些结果。分析证实，同一本体版本上不同计算间存在统计显著差异（这相当明显），且同一IC公式在不同GO版本上获得的结果间也存在统计差异。结果证明存在迄今未考虑的由GO演化引起的显著偏差。可能的未来工作应顾及这一考虑。
引用
@article{arxiv.1612.09499,
title = {The impact of Gene Ontology evolution on GO-Term Information Content},
author = {Pietro Hiram Guzzi and Giuseppe Agapito and Marianna Milano and Mario Cannataro},
journal= {arXiv preprint arXiv:1612.09499},
year = {2017}
}