GOTaxon：在基因本体中表示生物功能的演化
种群与进化
2018-02-19 v1 基因组学
摘要
基因本体（Gene Ontology）旨在定义已知基因产物在分子、细胞和生物体水平上的功能全集。尽管该本体被设计为以“物种无关的方式”涵盖生物学的各个方面，但事实是许多（即便不是大多数）生物功能在分类学范围上受到限制。这仅仅是因为功能会演化，即如同其他生物学特征一样，它们在进化过程中获得和丢失。在此我们提出一种在基因本体中表示生物功能演化获得与丢失的通用方法。随后我们应用多种技术，包括人工审编、对本体结构的逻辑推断，以及先前发表的“分类约束”，将演化获得与丢失事件赋予GO中大多数术语。这些获得与丢失事件使带有分类约束的术语数量增至近三倍，目前覆盖GO术语总数的76%，其中包括40%的分子功能术语、78%的细胞组分术语和89%的生物过程术语。数据库URL：GOTaxon可免费获取于 https://github.com/haimingt/GOTaxonConstraint
引用
@article{arxiv.1802.06004,
title = {GOTaxon: Representing the evolution of biological functions in the Gene Ontology},
author = {Haiming Tang and Christopher J Mungall and Huaiyu Mi and Paul D Thomas},
journal= {arXiv preprint arXiv:1802.06004},
year = {2018}
}
备注
23 pages, 2 figures, 6 tables