从基因注释的网络结构中发现生物功能的新秩序
定量方法
2013-05-07 v2 分子网络
摘要
基因本体（Gene Ontology, GO）为生物学家提供了一套受控术语，用于描述基因如何与功能相关联以及功能术语之间如何相互联系。这些术语间的关系编码了科学家对生物功能组织的构想，其形式为有向无环图（DAG）。在此，我们提出利用基于 GO 构建的基因 - 术语注释的网络结构，可以建立一种不同于 GO DAG 中既定层级结构的、替代性的自然方式来对功能术语进行分组。我们的方法不依赖于外部定义的生物功能组织，而是根据大量不同实验的基因注释数据汇编，将执行相同基因的生物学功能连接在一起。我们表明，通过这种替代方案对术语进行分组，不同于本体结构中定义的术语关系，并提供了一个新的框架，用于描述和预测实验鉴定出的基因集的功能。
引用
@article{arxiv.1210.0024,
title = {Finding New Order in Biological Functions from the Network Structure of Gene Annotations},
author = {Kimberly Glass and Michelle Girvan},
journal= {arXiv preprint arXiv:1210.0024},
year = {2013}
}