计算具有汉明距离的最优中位数配分函数的计算复杂性
计算复杂性
2017-01-17 v2 数据结构与算法
组合数学
摘要
在本文中，我们证明了对于若干权重函数，计算具有汉明距离的二进制字符串最优中位数的配分函数是 #P-complete 的。当权重函数为阶乘函数的情况在生物信息学中有应用。在那种情况下，配分函数计数了在若干生物信息学模型下星树上的最简约进化场景。结果扩展到二叉树，我们证明了在生物序列替换模型和基因组重排的 Single Cut-or-Join 模型下，计算任意二叉树上的最简约进化场景也是 #P-complete 的。
引用
@article{arxiv.1506.06107,
title = {The computational complexity of calculating partition functions of optimal medians with Hamming distance},
author = {István Miklós and Heather Smith},
journal= {arXiv preprint arXiv:1506.06107},
year = {2017}
}