人类转录组中丰富A-to-I编辑位点的系统鉴定
基因组学
2007-05-23 v1
摘要
由双链RNA特异性ADAR家族成员进行的RNA编辑导致前体信使RNA中腺苷到肌苷的位点特异性转换（A-to-I）。ADAR编辑被认为发生于所有后生动物，且对哺乳动物发育必不可少。当前，已知人类ADAR底物数量有限，而间接证据表明相当大比例的前体mRNA受影响。在此我们描述利用数百万可用表达序列对人类转录组中ADAR编辑位点的计算搜索。在1,637个不同基因中定位了12,723个A-to-I编辑位点，估计准确率为95%，使已知编辑位点数量提升两个数量级。我们通过验证26个新底物中的编辑发生实验确认了方法。人类A-to-I编辑主要发生在RNA非编码区，典型地位于Alu重复中。对大编辑位点集的分析指示编辑在控制dsRNA稳定性中的作用。
引用
@article{arxiv.q-bio/0411045,
title = {Systematic identification of abundant A-to-I editing sites in the human transcriptome},
author = {Erez Y. Levanon and Eli Eisenberg and Rodrigo Yelin and Sergey Nemzer and Martina Hallegger and Ronen Shemesh and Zipora Y. Fligelman and Avi Shoshan and Sarah R. Pollock and Dan Sztybel and Moshe Olshansky and Gideon Rechavi and Michael F. Jantsch},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0411045},
year = {2007}
}
备注
Pre-print version. See http://dx.doi.org/10.1038/nbt996 for a reprint