使用定性抽象对基因调控网络进行符号可达性分析
定量方法
2016-08-14 v1
摘要
基因调控的开关特性促使了杂交、离散-连续基因调控网络模型的使用。尽管已开发出用于混合系统分析、验证与控制的强大技术，但生物应用领域的特殊性带来若干挑战，尤其是参数值定量信息的缺乏以及学界关注网络的规模与复杂性。我们引入一种基于一类不连续分段仿射（PA）微分方程、良好适应上述约束的基因调控网络可达性属性分析方法。更具体地说，我们引入状态空间的超矩形划分，其构成保留状态变量导数符号的离散抽象之基础。所得离散转移系统提供网络定性动力学的保守近似，并可从参数的不等式约束以符号方式高效计算。该方法已在计算机工具Genetic Network Analyzer（GNA）中实现，并应用于生物学家尚未很好理解其功能的调控系统——大肠杆菌（Escherichia coli）的营养胁迫响应。
引用
@article{arxiv.q-bio/0702058,
title = {Symbolic Reachability Analysis of Genetic Regulatory Networks using Qualitative Abstractions},
author = {Grégory Batt and Delphine Ropers and Hidde De Jong and Michel Page and Johannes Geiselmann},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0702058},
year = {2016}
}