STRIKE-GOLDD 4.0：面向结构可辨识性与可观测性分析的用户友好高效工具
系统与控制
2022-07-18 v1 计算工程、金融与科学
系统与控制
定量方法
摘要
结构可辨识性与可观测性是系统生物学模型的理想性质。过去几十年中，已开发了许多软件工具箱用于分析这些性质。STRIKE-GOLDD是一种普遍适用的工具，可分析带有未知输入的非线性、非有理常微分方程（ODE）模型。然而，这种通用性是以比其他工具更低的计算效率为代价的。在此我们提出STRIKE-GOLDD 4.0，其包含一种新算法ProbObsTest，专为有理模型的分析而设计。当应用于计算代价高昂的模型时，ProbObsTest比工具箱旧版本中已有的FISPO算法显著更快。这两种算法的一个重要特征是能够分析带未知输入的模型。因此，它们在同一工具箱中的共存提供了通用性与计算效率的结合。STRIKE-GOLDD 4.0作为一个免费开源的Matlab工具箱实现，具有用户友好的图形界面。它基于GPLv3许可证发布，可从GitHub地址 https://github.com/afvillaverde/strike-goldd 下载。
引用
@article{arxiv.2207.07346,
title = {STRIKE-GOLDD 4.0: user-friendly, efficient analysis of structural identifiability and observability},
author = {Sandra Díaz-Seoane and Xabier Rey-Barreiro and Alejandro F. Villaverde},
journal= {arXiv preprint arXiv:2207.07346},
year = {2022}
}
备注
14 pages, 1 figure