利用基因表达数据对系统性红斑狼疮患者分层以揭示不同免疫通路的表达
基因组学
2020-11-11 v1 机器学习
摘要
系统性红斑狼疮（SLE）是美国 15–24 岁女性死亡的第十大原因。SLE 患者表现出的症状与免疫通路多样性，给治疗及新临床试验带来困难。本研究对成年 SLE 患者的基因表达数据采用无监督学习，将患者分为不同簇。通过三种独立方法（PCA、UMAP 及简单线性自编码器）降低基因表达数据维度，并将各方法结果用于经 k-means 聚类将患者分为六簇。这些簇揭示了导致 SLE 的三条独立免疫通路：（1）高干扰素水平，（2）高自身抗体水平，（3）线粒体凋亡通路失调。前两条通路已在 SLE 中被广泛研究。然而，据我们所知，线粒体凋亡此前从未作为不依赖自身抗体产生的、独立的 SLE 病因被探讨，表明线粒体蛋白可在未来研究中成为 SLE 的新治疗靶点。
引用
@article{arxiv.2011.05143,
title = {Stratification of Systemic Lupus Erythematosus Patients Using Gene Expression Data to Reveal Expression of Distinct Immune Pathways},
author = {Aditi Deokar},
journal= {arXiv preprint arXiv:2011.05143},
year = {2020}
}