应变问题让你陷入困境？试试 StrainRelief：一款用于配体应变计算的量子精度工具
化学物理
2025-06-11 v2 机器学习
摘要
配体应变能，即配体在结合与非结合构象之间的能量差，是基于结构的小分子药物设计的重要组成部分。在蛋白质-小分子共晶结构中观察到的大多数配体以低应变构象结合，这使得应变能成为基于结构的药物设计的一个有用过滤器。在这项工作中，我们提出了一种高精度计算配体应变的工具。StrainRelief 使用 MACE 神经网络势 (NNP)，该势在大型密度泛函理论 (DFT) 计算数据库上训练，以量子精度估计中性分子的配体应变。我们表明，该工具估计的相对于 DFT 的应变能差异在 1.4 kcal/mol 以内，比其他替代 NNP 更准确。这些结果突出了 NNP 在药物发现中的效用，并为药物发现团队提供了一个有用的工具。
引用
@article{arxiv.2503.13352,
title = {Strain Problems got you in a Twist? Try StrainRelief: A Quantum-Accurate Tool for Ligand Strain Calculations},
author = {Ewan R. S. Wallace and Nathan C. Frey and Joshua A. Rackers},
journal= {arXiv preprint arXiv:2503.13352},
year = {2025}
}