基于详细蛋白质结构的病毒衣壳组装随机动力学
定量方法
2009-11-13 v1 生物大分子
摘要
我们提出一个通用且定量的病毒衣壳组装计算框架，具有特异性。从包含原子坐标的 PDB 文件出发，该算法基于图刚性构建蛋白质寡聚体的粗粒度描述。这些约化蛋白质描述被用于扩展的 Gillespie 算法中以研究组装过程的随机动力学。结合速率由快速凝聚的扩散 Smoluchowski 方程获得，并修正以考虑水屏蔽与蛋白质结构。解离速率通过将寡聚体分裂解释为类似于从多维势阱逃逸的图划分过程而导出。该模块化框架定量且计算上易处理，具有少量基于物理动机的参数。该方法通过两种不同病毒得以阐明，二者被显示遵循定量上不同的组装路径。我们还展示了在该模型中组装的准平稳动力学如何可被描述为马尔可夫级联过程，其中仅存在少数中间体与一小部分路径。所观察到的路径与中间体可在事后与衣壳寡聚体的结构与能量性质相关联。
引用
@article{arxiv.q-bio/0610052,
title = {Stochastic kinetics of viral capsid assembly based on detailed protein structures},
author = {Martin Hemberg and Sophia N. Yaliraki and Mauricio Barahona},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0610052},
year = {2009}
}